보문산공원은 322분류군으로 우리나라 관속식물 4,071종류의 7.9%에 해당한다. 조사 지역에서 채집된 식물 중 우리나라 특산 식물은 금강제비꽃, 개나리, 오동나무, 병꽃나무, 지리대사초, 죽대, 넓은잎각시붓꽃등 7종으로 전체 분포식물의 2.2%로 나타났다. 소나무류 참나무류를 비롯해 물오리나무 아까시나무, 싸리등이 우점하고 있으며 초본으로는 고사리,고비등의 양치식물이 산재하고 뚝새풀, 실새풀, 바랭이, 그령, 큰묵새, 억새, 기름새등 벼과식물과 그늘사초 방동사니등의 사초과 식물, 그 외에 여뀌 물봉선, 고마리 등이 많이 군생하고 있다.
조류 : 보문산의 조류는 대전시에서 조사한 결과 31종 18과 7목 272종이 조사 되었으며, 우점종으로는 붉은머리오목눈이(27.2%) 오목눈이 (15.1%) 까치(7.7%) 직박구리(5.5%) 노랑턱멧새(5.2%)등으로 나타났으며 천연기념물 수리부엉이도 서식하고 있다.
포유류 : ,천연기념물인 하늘다람쥐가 서식하고 있으며, 개, 대륙족제비, 고양이, 청설모, 다람쥐, 집쥐, 6종이 나타났다.
곤충류 : 보문산의 곤충은 18목 149과785종이 조사 되었으며 뿔나비, 꿀뚝나비, 배붉은흰불나방, 네발나비등이 우점종으로 나타났다.
병꽃나무(Weigela subsessilis L.H. Bailey)
꽃은 5월에 피고 황록색이 돌지만 적색으로 변하며 1-2개씩 액생하고 병을 거꾸로 세운 모양 또는 깔때기모양으로 길이 3-4㎝이다. 화경에 털이 있으며 꽃받침열편은 선형으로 밑 부분까지 갈라진다. 잎은 대생 하며 엽병이 거의 없으며 열매는 길이 10-15mm의 삭과로서 잔털이 밀생하며 9월에 익는데, 종자에는 날개가 있다.
넓은잎각시붓꽃(Iris rossii Baker var. latifolia J. Sim et Y. Kim)
붓꽃과에 속하는 다년초로서 형태학적 특징은 각시붓꽃과 동일하나 한국특산으로 꽃은 4-5월에 자주색 으로 핀다. 신분류군 발표 당시 계룡산이 기준표본 장소로 보고되었고, 충남의 남부지역과 전북의 일부지역에 제한된 분포역을 갖는 식물이다.
금강제비꽃(Viola diamantica)
꽃은 폐쇄화(閉鎖花)이고 6월에 자줏빛으로 피며, 꽃대는 가운데에 2개의 포(苞)가 있다. 꽃받침은 털이없고 과실은 삭과(殼果)이고,길이 13mm이며 자줏빛 무늬가 있다. 고깔제비꽃과 비슷하지만 꽃이 폐쇄화이고 땅속줄기가 있는 것이 다르다.
지리대사초(Carex okamotoi Ohwi)
화경이 길고 수꽃과 암꽃이 달리며 길이 10-20mm이고 암꽃은 적으며 드문드문 달린다. 과포는 넓은 도란형, 회녹색이며 거의 곧추서고 평활한 막질로서 털이 없으며 길이 2.5mm정도이고 맥이 있으며 양끝이 좁고 부리는 갑자기 좁아지며 끝부분이 백색이며 밋밋하다. 수과는 넓은 타원체로서 털이 없다.
죽대(Polygonum lasianthum var. coreanum)
꽃은 5∼6월에 피고 녹색이 도는 백색이다. 꽃이 1개씩 달리지만 2개씩 달리는 것도 있다. 화피는 6장, 수술은 6개이며 수술대에 털이 있고 암술은 1개이다. 열매는 8∼9월에 결실하며 장과(漿果)이고 둥글며 검은 하늘색으로 익는다. 어린순은 나물로 하고 뿌리줄기는 자양강장제로 사용한다.
다람쥐(Sciurus)
다람쥐는 다람쥐과 동물 중 일부를 일컫는 말이다. 좁게는 한반도에 사는 다람쥐과 동물인 시베리아다람쥐만을 지칭하는 경우도 있고 넓게는 북아메리카 유럽 등에 사는 Sciurus속 등을 포함해서 부르는 말이기도 하다 다람쥐는 갈색 털빛에 등에 줄무늬가 있고 나무를 잘 타지만 주로 땅위에서 생활하는 하며 도토리를 즐겨 먹는다.
큰오색딱다구리(white-backed woodpecker)
몸길이는 25㎝ 정도이며, 균일한 검은색 등과 눈에 띄는 흰색 허리(엉덩이)에 의해 오색딱따구리와 구별된다. 날개에는 흰색의 가로띠가 있고, 오색딱따구리와 달리 어깨에 흰색 반점은 없다. 수컷은 머리꼭대기 전체가 진홍색이고 암컷은 어두운색이다. 암수 모두 아래 꼬리덮깃은 분홍색이다. 경계할 때는 '키욧, 키욧'하는 울음소리를 낸다.
